Початок системі ідентифікації тварин в Україні було покладено у 2001 році.
Саме тоді було видано Указ Президента України "Про невідкладні заходи щодо забезпечення стабільної епізоотичної ситуації в Україні" та постанову Кабінету Міністрів України "Про затвердження Програми запобігання і ліквідації проявів захворювання великої рогатої худоби на губчастоподібну енцефалопатію та інших пріонних інфекцій на території України на 2001-2010 роки".
У 2002 році відповідно до наказу Мінагрополітики (від 29.07.2002 №213) в Україні створено державне підприємство "Агентство з ідентифікації і реєстрації тварин". Його завдання - здійснення в країні комплексу заходів з ідентифікації і реєстрації сільськогосподарських тварин.
При розробці українських нормативно-правових актів, фахівці Агентства врахували досконало вивчені законодавство ЄС щодо ідентифікації й реєстрації різних видів тварин і досвід ряду європейських країн (Франції, Великобританії, Німеччини, Польщі, Угорщини).
Фактично ідентифікація в Україні розпочалась після розпорядження КМУ від 4 вересня 2003 року "Про запровадження ідентифікації і реєстрації великої рогатої худоби" та відповідного наказу Мінагрополітики України, зареєстрованого в Міністерстві юстиції України.
З 2003 року ДП "Агентство з ідентифікації і реєстрації тварин" проведено чималу роботу: створена відповідна інфраструктура, включаючи головне підприємство, обласні філії та агентів, що забезпечують ідентифікацію тварин на сільських територіях. Придбано необхідне серверне обладнання, комп'ютерна техніка, створено й забезпечено ведення електронної бази даних - Реєстру тварин, навчено персонал. Це дозволяє щомісяця проводити ідентифікацію і реєстрацію в Реєстрі тварин близько 500 тис. голів худоби.
Зрозуміло, спеціалісти Агентства провели велику організаційну та інформаційну роботу з різними категоріями власників тварин. Поетапно підприємство проводило і відповідну роботу з племінними, товарними господарствами, господарствами населення та підприємствами, які проводять забій худоби. Як результат, у Реєстрі тварин зареєстровано 6844 сільгосппідприємств, які займаються розведенням і утриманням худоби, та 942, які займаються її забоєм. Кількість же проідентифікованої й зареєстрованої великої рогатої худоби на 1 квітня 2009 року складає більше 6,2 млн. голів. На сьогодні в Реєстрі тварин наявного поголів'я ВРХ близько 4,8 млн., племінних свиней - 89,8 тис., овець - 539 тис., коней - 9,3 тисяч.
Працівники підприємства проводять ідентифікацію і реєстрацію ВРХ в особистих селянських господарствах: виїжджають за місцем проживання власника, встановлюють на тварину вушні бирки, заповнюють реєстраційну картку, у ветлікаря отримують інформацію про стан здоров'я тварини, відправляють картку для внесення інформації у Державний реєстр тварин, отримують паспорт ВРХ, доставляють ветеринарну картку для особистого підпису ветлікарю. Тільки після цього власнику за місцем його проживання доставляється комплект готових документів.
Отже, власник худоби отримує послугу з одних рук, не роблячи сам жодних рухів, окрім замовлення.
Вартість послуги з ідентифікації і реєстрації ВРХ нині складає: для сільськогосподарського підприємства - 48 грн. (з ПДВ); для господарств населення - 60 грн. (з ПДВ).
Вартість послуги з ідентифікації і реєстрації інших видів тварин відповідно:
- овець/кіз: для с/г підприємств - 24 грн., для населення - 30 гривень;
- коней (без зазначення родоводу) - 36 грн., із зазначенням родоводу - 42 гривень;
- племінних свиней - 21,60 грн., реєстрація племінних свиней у Реєстрі тварин - 18 грн., видача реєстраційного свідоцтва - 18 грн.; у разі одночасного замовлення ідентифікації, реєстрації і свідоцтва - 48 грн.;
- вушна бирка для ідентифікації товарних свиней (для с/г підприємств) - 3,60 грн.; відомість переміщення товарних свиней (на партію свиней для с/г підприємств) - 3,00 гривень;
- ідентифікація товарних свиней у господарствах населення - 12,00 гривень.
На жаль, Державний комітет ветеринарної медицини не достатньо контролює виконання вимог системи ідентифікації з боку власників тварин, забійних пунктів і ринків, заготівельників молока. Тож ідентифікація і реєстрація худоби у 2008-2009 роках проводиться у значно менших від запланованих обсягів. Відповідно і питання зниження вартості послуг найближчим часом не розглядається.